Beberapa waktu setelah peristiwa Donkey Kong Country, Donkey Kong sedang berehat di pantai apabila tiba-tiba diserang oleh Kremlings. Beliau diculik dan dibawa ke Kaptain K. Rool, nama raja K. Rool dalam permainan ini. Kaptain K. Rool kemudian menuntut tebusan bagi Banana Hoard yang sebelum ini gagal dicuri dalam permainan sebelumnya, dengan harapan mendapatkan wang pampasan daripada Kongs. Dalam keadaan bersetuju, Diddy Kong dan sahabatnya Dixie memutuskan untuk pergi ke pulau asal Kremling, Crocodile Isle, untuk menyelamatkan Donkey Kong. Bersama-sama, mereka menelusuri Pulau Buaya, dibantu oleh pelbagai jenis haiwan, dengan tujuan mengalahkan Kaptain K. Rool.[14] Diddy dan Dixie akhirnya berjaya dalam pertarungan dan mengalahkan K. Rool, membebaskan Donkey Kong dalam proses tersebut. Walaupun K. Rool berjaya melarikan diri, tidak lama kemudian, Diddy dan Dixie berhadapan dengannya di Lost World, kawasan rahsia yang dikuasai oleh air panas di tengah-tengah Pulau Buaya. Mereka sekali lagi berjaya mengatasi K. Rool, yang tercampak ke dalam air panas, menyebabkan lubang tersebut tersumbat dan akhirnya meletup. Letupan ini membawa kepada tenggelamnya seluruh Pulau Buaya, sementara Kongs menyaksikan K. Rool melarikan diri dengan menggunakan bot layar kecil.